Испания, 1944 год. В густых лесах Наварры партизаны ведут отчаянную борьбу против фашистского режима. Десятилетняя Офелия, мечтательная и одинокая девочка, прибывает с беременной матерью Кармен в военный лагерь к своему новому отчиму — капитану Видалю. Жестокий офицер армии Франко, он безжалостно преследует повстанцев, стремясь очистить регион любой ценой. В этом суровом мире Офелия находит утешение в сказках и неожиданно открывает поблизости древний заброшенный лабиринт.
Внутри лабиринта её встречает фея, которая приводит девочку к его хранителю — таинственному Фавну. Существо раскрывает Офелии удивительную тайну: она — пропавшая принцесса волшебного королевства, чей отец веками искал свою дочь. Чтобы вернуться в родное подземное царство, Офелия должна до полнолуния выполнить три испытания, храня свои приключения в строжайшей тайне ото всех.